在食品加工厂采用臭氧杀菌消毒的场所也很多，如臭氧对车间空气消毒、对食品表面的灭菌作用、对食品包装袋材料的消毒、对食品的保鲜作用、对食品原料中的细菌，病毒，有毒物质的分解等等。

在食品加工车间采用的是将臭氧直接释放到空气中的方法，使整个空间及该空间中物品的周围充满臭氧气体，在臭氧强氧化作用下，达到消毒杀菌的目的。在加工车间使用臭氧的一个重要问题是确定开始供给杀菌的目的。在加工车间使用时加工车间内的细菌处于最低状态。一般可供车间臭氧1-2小时，封闭分解1小时，，这样即达到杀菌、消毒的效果，又使上班的工人嗅不到明显的臭氧味。若因需要非得在有人的环境下进行消毒工序时，则应在车间的局部密封室内进行.